一、1915年4月，北京京漢鐵路醫(yī)院（即北京世紀(jì)壇醫(yī)院的前身）正式成立。

二、1949年9月，醫(yī)院劃歸鐵道部衛(wèi)生局直接領(lǐng)導(dǎo)，成為全國鐵路醫(yī)療中心。

三、1958年6月，北京鐵道醫(yī)學(xué)院成立，北京鐵路醫(yī)院成為北京鐵道醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院。同年8月醫(yī)院遷入現(xiàn)址。

四、1989年，北京鐵路總醫(yī)院作為衛(wèi)生部試點(diǎn)評(píng)審單位之一，成為全國首批三級(jí)甲等醫(yī)院。

五、1998年，醫(yī)院分別通過“全國百佳醫(yī)院”和“全國鐵路十佳醫(yī)院”的評(píng)審。

六、1998年，醫(yī)院成為北京大學(xué)教學(xué)醫(yī)院；2000年7月，成為北京大學(xué)第九臨床醫(yī)學(xué)院。

七、2003年4月，作為鐵路系統(tǒng)收治“非典”病人的專門醫(yī)院，我院僅用了72小時(shí)就改建成一個(gè)集發(fā)熱門診、病房為一體，開設(shè)100張床位的SARS醫(yī)療區(qū)。在接診發(fā)熱病人千余例、收治病人99例的情況下實(shí)現(xiàn)了三個(gè)零感染的突破。

八、2004年4月，鐵道部北京鐵路總醫(yī)院整體移交北京市；同年6月11日，鐵道部與北京市舉辦正式移交儀式；2005年5月28日，醫(yī)院舉行更名掛牌儀式，正式更名為北京世紀(jì)壇醫(yī)院。

九、2008年，醫(yī)院被評(píng)為北京市“十佳人民滿意醫(yī)院”、北京市醫(yī)保A類醫(yī)院。

十、2008年，首都醫(yī)科大學(xué)腫瘤學(xué)系在我院掛牌成立。